Ученый совет является совещательным органом при директоре института и назначается директором института из ведущих научных специалистов, руководителей подразделений по основным направлениям исследований института, а также членов дирекции и, при необходимости, ведущих специалистов отрасли.

В настоящее время Ученый совет действует на основании приказа № 98 от 11 ноября 2016 г.:

Заседания Ученого совета проводятся в соответствии с годовым планом работы, утверждаемым директором института. При необходимости в течение года могут проводится дополнительные заседания. Сроки их проведения определяются директором.
Повестка дня заседания Ученого совета утверждается директором института на основании годового плана и предложений, вносимых в рабочем порядке со стороны научных подразделений, функциональных отделов и общественных организаций института.
Подготовка документации к заседанию совета и оформление его материалов (протоколов, решений) проводится ученым секретарем.
Ученый совет на своих заседаниях:
• обсуждает проблемы научно-технического развития геологической отрасли по направлениям деятельности института и определяет пути их решения;
• рассматривает эффективность научно-исследовательских разработок института и результативность мероприятий по их реализации;
• рассматривает проекты планов научно-исследовательских работ, подготовки научных кадров, издания научных трудов, программы конференций и совещаний;
• рассматривает отчеты о важнейших результатах научной и научно-организационной деятельности института;
• обсуждает важнейшие научные проблемы, научные доклады и дает оценку приоритетных научных работ института;
• обсуждает вопросы координации и творческого сотрудничества с другими научными учреждениями;
• заслушивает отчеты о работах научных подразделений, их руководителей, а также отдельных научных работников;
• обсуждает планы и отчеты о работе аспирантуры, рассматривает и утверждает темы докторских диссертаций, дает по ним рекомендации;
• выдвигает или поддерживает выдвижение выдающихся научных работ на присуждение Государственных премий и премий научных и общественных фондов, а ведущих ученых

• на присуждение почетных званий Российской Федерации;

Секции Ученого совета
Для рассмотрения вопросов по приоритетным направлениям деятельности института при Ученом совете образованы восемь секций:
• секция геологии месторождений черных, цветных, благородных металлов и неметаллического сырья;
• секция геологии месторождений урана, редких металлов и горючих ТПИ;
• аналитическая секция;
• минералогическая секция;
• технологическая секция;
• секция геолого-экономической оценки месторождений;
• секция информационно-аналитического обеспечения и планирования ГРР.

• секция геоинформационных систем и технологий.

Состав секций утверждается директором института. Председателями секций являются заместители директора института, руководители отделений (отделов) или ведущие ученые.
Секции Ученого совета работают по планам, утвержденным председателями секций.
Подготовка документации к заседанию секции Ученого совета и оформление его материалов (протоколов, решений) проводится ученым секретарем секции.
Секции Ученого совета решают следующие задачи:
• обсуждают соответствующие направлению секции вопросы эффективности научно-исследовательских работ по проблемам государственного задания, отраслевых программ и др.;
• рассматривают и рекомендуют к утверждению программы и отчеты по научно-исследовательским работам, финансируемым из средств госбюджета;
• рассматривают ход выполнения научно-исследовательских работ и определяют мероприятия, направленные на их выполнение в сроки, установленные планом НИОКР института;
• рассматривают предложения к годовым планам научно-исследовательских работ;
• подготавливают к рассмотрению на Ученом совете института вопросы, имеющие важное научное и практическое значение;
• рассматривают и утверждают темы кандидатских диссертаций и планы работы аспирантов и соискателей, осуществляют контроль и помощь аспирантам и соискателям ученой степени кандидата наук;
• рассматривают и рекомендуют к утверждению подготовленные научными подразделениями заключения института на авторефераты, диссертации, научно-исследовательские работы, изобретения и т.п.;
• рассматривают и рекомендуют к опубликованию подготовленные сотрудниками института статьи, монографии и т.п.;
• проводят предварительное рассмотрение диссертаций на соискание ученой степени доктора наук, кандидата наук.
Секция Ученого совета принимает решения открытым голосованием (исключая конкретные случаи, когда секция считает необходимым тайное голосование).
Секция Ученого совета принимает решения, если в голосовании участвовало не менее половины ее состава; решения считаются принятыми, если за них проголосовало не менее 50% присутствующих на заседании членов секции.