При институте действуют три Межведомственных научных совета по аналитическим, минералогическим и технологическим методам исследований минерального сырья (НСАМ, НСОММИ, НСОМТИ). В составы секций Советов и Бюро входят ведущие исследователи институтов Роснедр, РАН и других ведомств.

Через советы осуществляется курирование лабораторной службы отрасли и обеспечение ее нормативно-техническими документами, большинство которых разрабатывается коллективом института.